Кемеровская железнодорожная магистраль имеет одиннадцать основных линий. Каждая линия создавалась по мере исторического развития железной дороги, с ростом коммуникаций в западной Сибири.
Транссибирский участок Кемеровской железной дороги – линия, проходящая через город Юрга, поселок Тайга и город Анжеро-Судженск, поселок Мариинск». Именно в таком виде линия была построена в 1940 году, для реализации эвакуационных мероприятий. В настоящее время вся линия электрифицирована и оборудована радиостанциями, пунктами диспетчерской поддержки. Юрга – узловая станция дороги, административный центр района.
Линия, имеющая направление через поселок Тайга, город Томск и поселок Асино, оснащена высокотехнологичным оборудованием. Она соединяет станцию «Тайга» и «Асино» с городами и поселками Томской области. Строительство линии началось в 1932 году. В данный момент является частью Кемеровской железной дороги. Линия проходит по территории Томской области, Красноярского края, Асинского и Тайгинского сельского поселения.
Станция Новосибирск главный – станция Тогучин – станция Ленинск-Кузнецк. Новосибирск это крупная развязка, узловая станция, является отправляющей точкой для составов, движущихся из центральной части России на восток, в частности, в Кемеровскую область. Такая крупная транспортная развязка этой линии позволяет беспрепятственно и мобильно осуществлять грузоперевозки угольного сырья из Кузбасса на конечный пункт назначения.
Линия, проходящая по станции Юрга, станции Топки, станции Ленинск-Кузнецк, станции Белово, станции Артышта, станции Прокопьевск, станции Новокузнецк, станции Осинники, станции Калтан, станции Малиновка, станции Мундыбаш, станции Учулен, станции Тенеш, станции Чугунаш и Таштагол». Достаточно продолжительная линия Западно-Сибирской железной дороги, от Новокузнецка берет свое начало Южно-Кузбасская линия. Проходит по территории Кемеровской области, с остановками в областных административных центрах и поселках. Линия была основана в 1912 году, пролегая через непроходимый бурелом тайги. Связывает транспортной артерией грузопассажирские потоки Кузбасса.
Город Белово и поселок Гурьевск. Линия связывает два административных центра, Беловский и Гурьевский районы Кемеровской области.
Линии между поселками Учулен и Ахпун, поселком Таштагол и поселком Шерегеш» созданы для возможности более удобной транспортировки пассажиров и грузов из городов, поселков Кемеровской области.
Линия «Топки – город Кемерово – Анжеро-Судженск» основана в 1936 году, строительство завершилось пред самым началом войны, в 1939 году. Впоследствии ветка служила на благо промышленности, как связующее звено для поставки химического сырья и оборудования на Кузбасс. Сейчас линия продолжает успешно работать, осуществляя успешный грузопоток и пассажирооборот.
«Томусинская – Тайжина – Абагуровский – Новокузнецк-Восточный – Новокузнецк» — станции одной из крупных линий Кемеровской железной дороги. Благодаря железнодорожному сообщению плоды металлургической и угольной промышленности распространяются по всей стране. Дополнительная линия данного направления «Полосухино – Островская – Топольники – Водная – Новокузнецк»